1. Переходим во временный каталог:

cd /tmp

2. Скачиваем ionCube:
для 32 OS:

wget http://downloads2.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86.tar.gz

для 64 OS:

wget http://downloads2.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz

3. Распаковываем архив с модулем:

tar -xzf ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz

4. Переходим в директорию с модулями:

cd ioncube

5. Копируем подходящую версию модуля:

mkdir /usr/local/Zend
cp -rfv ioncube_loader_lin_5.3.so /usr/local/Zend/

6. Добавляем в php.ini строку:

zend_extension=/usr/local/Zend/ioncube_loader_lin_5.3.so

7. Перезагружаем web-сервер:

service httpd restart